Mollenhauers Söhne traten in seine Fußstapfen: Valentin machte sich mit Blechblasinstrumenten selbstständig. Thomas übernahm den väterlichen Betrieb. Aus ihm entstand der bekannte Blockflötenhersteller Conrad Mollenhauer GmbH (Fulda).
Der dritte Sohn Johann Andreas Mollenhauers, Gustav, gründete 1864 in Kassel das Unternehmen, das seinen Namen trägt. Nach seinem Tod 1914 führten seine Söhne Thomas und Hans den Betrieb fort. Das erste Firmengebäude befand sich in der Altstadt, das spätere, in der Wilhelmshöher Allee, wurde im Krieg zerstört. Thomas starb 1938, sein jüngerer Bruder Hans 1952. Beide hatten keine Nachkommen.